La investigación científica y tecnológica en la facultad de acuicultura y ciencias del mar, su dos carreras en acuicultura y recursos naturales renovables, y su programa de posgrado maestría en investigación en acuicultura están encaminados a analizar, desarrollar y aplicar de manera integral y articulada conocimientos biológicos, físico-químicos, matemáticos y económicos para gestión de diversificación acuícola y explotación sostenible de los recursos vivos acuáticos desde un enfoque ecosistémico en ecuador, armonizado por la senescyt y el ces.