El H. Consejo Universitario, con fecha 3 de diciembre de 1980 resuelve la creación de la Extensión Universitaria en la ciudad de Chone dependiente de la Facultad de Ciencias Veterinarias de la Universidad Técnica de Manabí.
El primer Director de la Escuela fue el DR. Veterinario, Iván Vera Arteaga, hasta el año 1983, a partir de esa fecha estuvo al frente de la misma el Dr. Téofilo Carvajal Rivadeneria hasta el año 1987, luego de lo cual fue electo el Dr. José Intriago Rosado.
Se llevó a efecto la implementación de tres carreras intermedias con sus respectivos planes curriculares: "Técnico Zootecnista, de Empresas Agroindustriales y de Empresas Agropecuarias"
El 10 de diciembre de 1991.en sesión celebrada por el H. Consejo Universitario la Escuela de Ingeniería Zootécnica es elevada a la categoría de FACULTAD DE CIENCIAS ZOOTECNICAS.
En enero de 1992, la Facultad de Ciencias Zootécnicas empezó a funcionar como tal, encargado del Decanato el Dr. José Intriago Rosado, quien convocó y presidió el primer Consejo Directivo de la Facultad, integrado por los profesores titulares más antiguos de la naciente Institución, los representantes estudiantiles y laborales de mayor antigüedad.
En 1993 hasta 1998 Dr. Mario mata Moreira fue elegido Decano de la misma.
En 1998 hasta el 2005 le sucedió el Ing. Edgardo Mendoza Solórzano.
A partir del 2005 hasta la actualidad el Dr. Mario Mata Moreira preside esta Unidad Académica.
Desde hace algún tiempo se viene hablando en el país de la necesidad de una pedagogía para la formación técnica y profesional que permita la preparación de un estudiante acorde a las exigencias de la sociedad; una pedagogía que estimule y haga realidad la integración de la educación e instrucción profesional, que integre la Ingeniería Zootécnica y la empresa pecuaria, la teoría y la práctica, lo cognitivo y lo afectivo, la docencia con la producción e investigación.
El 21 de mayo del 2001, en sesión celebrada por el H. consejo Universitario se creó la carrera de Ingeniería en Industrias Agropecuarias.
En concordancia con el avance científico, tecnológico, investigativo, y de la ciencia, que en forma vertiginosa se genera en el mundo globalizado, las instituciones de educación superior requieren actualizar su quehacer académico.
El 22 de junio del 2009.En Sesión celebrada por el Honorable Consejo Universitario se crea la Escuela de Ingeniería en Informática Agropecuarias.
La propuesta de la Facultad de Ciencias Zootécnicas de la Universidad Técnica de Manabí, es plantear un proceso educativo sostenible y sustentable, provisto de características de aprendizaje continuo, desde el punto de vista técnico, científico, académico y productivo.